Jan 17

Normas e Procedimentos para Utilização da Sala de Equipamentos do Data Center do CCJDR

Depois de amplo período de estudos, foi concebido um conjunto de normas para uso do data center do CCJDR em relação ao hardware e software, além de outras diretrizes. Um dos itens para destaque, de acordo com a Resolução ComTIC 002/2015:

   "xx. Artigos, apresentações, teses e outras publicações resultantes de trabalhos realizados com recursos de HPC do CCJDR devem conter um agradecimento ao centro. Recomenda-se o seguinte texto:

This research used the computing resources and assistance of the John David Rogers Computing Center (CCJDR) in the Institute of Physics "Gleb Wataghin", University of Campinas."

    Além dessa questão da citação, as regras descrevem quais são as características para os equipamentos de HPC utilizarem a infraestrutura do CCJDR. As normas completas estão disponíveis em https://portal.ifi.unicamp.br/images/files/intranet/comtic/ComTIC022015v2.pdf

    Em caso de dúvidas, estamos à disposição pelo https://os.ifi.unicamp.br.

Jul 22

Comparativo: GPU X CPU

O computador Mach, bem como o cluster Feynman possuem GPUs, as quais em determinados casos podem acelerar em muito os processos, se comparado a submissão dos mesmos às CPUs.
Para ilustrar os fatos, foi realizado um teste de performance utilizando o software Lammps compilado com a biblioteca GPU, tendo como input o arquivo "in.lj", que se encontra no diretório "/examples/accelerate/" do Lammps. No arquivo apenas foram alteradas as variáveis xx, yy e zz para 40 com o intuito de aumentar a quantidade de tempo do processamento.

# 3d Lennard-Jones melt

variable        x index 1
variable        y index 1
variable        z index 1
variable        t index 100

variable        xx equal 40*$x
variable        yy equal 40*$y
variable        zz equal 40*$z

units           lj
atom_style      atomic

lattice         fcc 0.8442
region          box block 0 ${xx} 0 ${yy} 0 ${zz}
create_box      1 box
create_atoms    1 box
mass            1 1.0

velocity        all create 1.44 87287 loop geom

pair_style      lj/cut 2.5
pair_coeff      1 1 1.0 1.0 2.5

neighbor        0.3 bin
neigh_modify    delay 0 every 20 check no

fix             1 all nve

thermo          100

run             $t


Especificações de Hardware: computador Mach

CPU: 01 Intel Xeon E5-2609 de 4 núcleos a 2.4 GHZ;
GPU: Nvidia Quadro K600 com 1GB de memória de vídeo e 192 CUDA cores

Especificações de Hardware: Cluster Feynman (node gn001)

CPU: 02 Intel Xeon E5620 de 4 núcleos a 2.4 GHZ;
GPU: Nvidia Tesla C2050 com 3GB de memória de vídeo e 448 CUDA cores

Instrução do Lammps executada (dentro do diretório "/src")

Utilizando CPU: mpirun -np 1 ./lmp_gpu < ../examples/accelerate/in.lj
Utilizando GPU: mpirun -np 1 ./lmp_gpu -sf gpu < ../examples/accelerate/in.lj

Resultados:
Mach
CPU: 0m24.358s
GPU: 0m7.168s
O tempo de processamento em GPU foi 3,4 vezes mais rápido em comparação à CPU

Feynman
CPU: 0m27.432s
GPU: 0m6.007s
O tempo de processamento em GPU foi 4,5 vezes mais rápido em comparação à CPU

Jul 17

Mach - Desenvolvimento e visualização

O computador mach onde todos os usuários da Planck também tem acesso e que faz parte do cluster planck foi projetado para ser uma estação de visualização de dados científicos e para desenvolvimento em GPU e CPU, para isso possui:

  1. Intel Xeon E5-2609 de 4 núcleos a 2.4 GHZ;
  2. 16GB de RAM;
  3. Interconexão Infiniband 40 Gb/s;
  4. Dados compartilhados com o cluster Planck;
  5. Quadro K600 com 1GB de memória de vídeo e 192 CUDA cores.

 

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